Sve veći broj firmi počinje da se bavi otkupom, preradom i prodajom poljoprivrednih proizvoda, što je svakako dobaro za celu privredu.  Posebnim propisima regulisan je način otkupa poljoprivrednih proizvoda, utvrđeni su drugačiji uslovi pod kojima se može priznati PDV kao odbitna stavka ukoliko se proizvodi otkupe od registrovanih poljoprivrednih gazdinstava. Ukoliko se pak poljoprivredni proizvodi otkupe od poljoprivrednika koji nisu registrovani kao gazdinstvo oni se tretiraju kao fizička lica i u tom slučaju potrebno je obračunati i platiti porez, kao i sastaviti i predati Poreskoj  upravi obrazac PP OPJ – 6.

Otkup poljoprivrednih proizvoda najčešće se vrši na sledeći način:

–         Kada otkup poljoprivrednih proizvoda vrši obveznik PDV-a od poljoprivrednika koji je obveznik poreza na prihode od poljoprivrede i šumarstva na osnovu katastarskog prihoda, obračunava se i plaća 5% PDV-a nadoknade;

–          Ako poljoprivredne proizvode prodaje fizičko lice koje je obveznik PDV-a, obračunava se PDV po stopi od 8%, a u nekim slučajevima po stopi od 18%;

–         Kada se promet poljoprivrednih proizvoda vrši između lica koji nisu obveznici PDV-a, ne obračunava se PDV niti palaća PDV nadoknada.